在1996-1997赛季意大利足球甲级联赛中，代表意大利亚特兰大俱乐部足球队踢球，以进24球的成绩获得该赛季最佳射手称号。
1997年6月，从意大利亚特兰大俱乐部足球队转会至意大利尤文图斯俱乐部足球队，出任前锋。
1998年5月16日，与队友合作，使尤文图斯队获得97-98赛季意大利足球甲级联赛冠军。他与皮耶罗被称为该赛季意甲的黄金搭档。
1998年，入选意大利国家队参加了法国世界杯赛，但在1/4决赛点球3：4不敌法国。
2002年转会AC米兰。同年随意大利国家队参加了韩日世界杯，遗憾的是再次败北。
2002-03赛季欧洲冠军联赛，因扎吉迎来颠峰。因扎吉攻入12球（资格赛2球），帮助米兰第6次登顶欧洲之巅！
2003-04赛季，米兰第17次夺得意甲冠军，但因扎吉重伤，未能做出较多贡献。
2006年，意大利队否极泰来。在德国举办的世界杯上，因扎吉随队在奥林匹克体育场6：4击败法国（点球5：3）夺冠。这也是因扎吉唯一的一座世界冠军。
2006-07赛季欧洲冠军联赛，因扎吉再次迎来颠峰。因扎吉攻入6球（资格赛2球），助米兰2：1击败利物浦第7次称霸欧洲！因扎吉在决赛中梅开二度，永载史册。此役过后，因扎吉在欧战中攻入58球，与皇马的劳尔并列历史第三。排在其二人前面的，只剩下穆勒和舍甫琴科了。
2007-2008赛季拉开帷幕,11月7日欧冠小组赛第四比赛日，米兰客场战胜顿涅茨克矿工，因扎吉梅开二度,加上此前第一比赛日以及欧洲超级杯上取得的两球,因扎吉的欧战进球数达到62个,追平了盖德穆勒保持的记录。菲利普·因扎吉，这个光辉的名字，已经和其他历史上最伟大的射手一起，刻在了足球的丰碑之上。
北京时间2007年12月5日凌晨，欧洲冠军杯小组赛D组开始最后一轮角逐。AC米兰主场1-0击败凯尔特人。下半场第69分钟，因扎吉在门前接右路助攻的卡福传中垫射，将球送入球网。这粒进球使得因扎吉的欧战进球达到63球，从而超越德国传奇射手盖德-穆勒，成为欧战进球最多的球员！
他加盟米兰后进球达到86个，距离一百大关还有14个。个人职业生涯总进球恰好200个。他惟一没进球的赛场就是世俱杯，从前他只打过一次，跟随米兰。
2007年12月16日进行的世界俱乐部杯决赛中，因扎吉攻入两球，助球队4:2战胜南美冠军博卡青年。